Année 2013. N° 6 est une cité étroitement contrôlée et hiérarchisée, où les enfants surdoués, tels que Shion, sont éduqués pour former la future Élite. Mais le jour de son douzième anniversaire, Shion fait une rencontre qui va changer le cours de sa vie: il aide un jeune adolescent venu de l’extérieur de la cité, surnommé le Rat (Nezumi) à échapper à la police. Puni pour sa complicité dans la fuite du hors la loi, Shion est exclu de son école et devra désormais se contenter d’un travail subalterne. Quatre ans plus tard, devenu contrôleur des robots nettoyeurs de la ville, il est le témoin d’une mort suspecte